1. Nie działają głównie systemy zabezpieczeń w grach online gdyż wykrywają Protona jako cheat. Nawet jak Valve tego nie naprawi to żadna stratą bo granie na przenośnej konsoli w gry online trochę moja się celem.
2. Baza kompatybilności protona opiera się na zgłoszeniach użytkowników posiadających różne konfiguracje sprzętowe. Tutaj Valve przy współpracy z codewavers prawdopodobnie będzie optymalizował protona pod kątem podzespołów steamdeck. Trochę szkoda linuxowych użytkowników nvidii ale zanosi się że cały ekosystem proton + steamos 3.0 będzie robiony właśnie pod AMD.