Poprzednio w F.E.A.R. (2)

20 lat po śmierci Almy, Genevive Artiside – szefowa Armachamu – wznawia program Origin mimo protestów niektórych naukowców z firmy, ostrzegających o wciąż aktywnych echach mocy psychicznych kontrolowanych przez dziewczynę. Dwie ekipy komandosów wyruszają, by zbadać stan zamkniętej placówki i obie giną w tajemniczych okolicznościach. Duch Almy jest nadal silny i przejmuje kontrolę nad ośrodkiem. Niedługo później następuje druga synchronizacja i Alma ponownie łączy swój umysł z Paxtonem Fettelem, każąc mu objąć dowodzenie nad żołnierzami Repliki – stworzonych przez korporację klonów, stanowiących zalążek nowej armii.

Do akcji wkracza drużyna First Encounter Assault Recon, z zadaniem odnalezienia i pojmania Fettela. Sercem oddziału jest główny bohater gry – obdarzony niezwykłym refleksem Point Man. Odkrywając pomału wszystkie elementy układanki i doświadczając wielu niewyjaśnionych zjawisk i halucynacji, mężczyzna dowiaduje się o Almie i jej kontroli nad umysłem Fettela, znajduje również informacje o jej pierwszym synu. Paxton zmierza w głąb kompleksu, by uwolnić matkę, jednak zanim to następuje, dopada go Point Man i zabija na miejscu. W tym momencie okazuje się, że to właśnie on jest pierworodnym Almy. Śmierć „brata” nie zatrzymuje jednak planu uwolnienia dziewczyny z jej wieloletniego więzienia – czynu tego dokonuje Harlan Wade, nie zdając sobie sprawy, jak potężną i wściekłą siłę wypuszcza na świat. Alma uśmierca ojca, a Point Man otrzymuje rozkaz sabotowania napędzającego placówkę reaktora, co owocuje potężną, zrównującą z ziemią połowę miasta eksplozją. Alma Wade jednak nadal żyje.

Akcja drugiej części gry rozpoczyna się tuż przed finałem oryginalnego F.E.A.R. Główny bohater tej opowieści, komandos Michael Beckett, jest członkiem oddziału Dark Signal wysłanego, by aresztować Genevive Artiside. Aresztowanie szybko zmienia się jednak w akcję ratunkową – po dotarciu do celu okazuje się bowiem, że członkowie rady nadzorczej Armachamu posłali najemników, by zabili ich szefową. Beckett ocala Artiside, dowiadując się przy tym o tajemniczym projekcie Harbinger (Zwiastun) oraz o fakcie, że tylko on i jego ludzie są w stanie powstrzymać Almę Wade. Rozmowę przerywa eksplozja reaktora wywołana przez Point Mana.

Beckett budzi się na stole operacyjnym, podczas przeprowadzania na nim jakiegoś zabiegu przez lekarzy działających na rozkaz Genevive Artiside. W tym samym momencie tajemniczy szpital zostaje zaatakowany przez wojskowe oddziały „czyścicieli” działających na zlecenie korporacji Armacham, którym przewodzi pułkownik Richard Vanek. Beckett i jego koledzy uciekają, jednak krok w krok za nimi podążają tajemnicze zjawiska, aktywują się Repliki, pojawia się także sama Alma. Z głównym bohaterem kontaktuje się osoba o pseudonimie Snake Fist, informując go, że wydziela teraz silny psychiczny sygnał przyciągający dziewczynę, co jest efektem przeprowadzonej operacji. Po przegrupowaniu się oddziału (jego część zostaje zabita przez żądną krwi pannę Wade) Beckett dociera do kontrolowanej przez Armacham szkoły podstawowej, która okazuje się być przykrywką dla kolejnej tajnej placówki firmy.