Poprzednio w Assassin's Creed (4)
Już wkrótce zabójcy ponownie zapolują na swoich największych wrogów, czyli templariuszy. Nim to jednak nastąpi, przypomnijmy sobie, co wydarzyło się w poprzedniej części Assassin's Creed.
Dwa lata później do Ezia dotarły słuchy, że ów statek ponownie zawitał do portu w Wenecji. Asasyn podszył się pod żołnierza niosącego z pokładu skrzynie z cennym ładunkiem i udał na spotkanie z samym Rodrigiem Borgią, czyli człowiekiem będącym prawdziwym powodem stracenia przed laty członków rodziny Auditore. W trakcie tej konfrontacji Borgia stwierdził, że jest prorokiem, który według przepowiedni z Kodeksu Altaira miał zebrać dwa Fragmety Edenu i użyć ich do otwarcia tajemnej Krypty. Rodrigo oczywiście przybył w obstawie własnych ludzi i gdyby nie szybkie pojawienie się sojuszników Ezia, młodzieniec straciłby życie. Templariusz musiał ratować się ucieczką, zostawiając na miejscu dziwny artefakt określany mianem „Jabłka”. Sojusznicy Ezia, w tym Antonio, Niccolo Machiavelli, Mario, Bartolomeo, a nawet Paola (kurtyzana, która nauczyła wiele lat temu sztuki wtapiania się w tłum) wyjawili, że wszyscy są członkami bractwa asasynów i wierzą, że to on jest tak naprawdę prorokiem z przepowiedni. Przyznali, że przez ponad dekadę w tajemnicy uczyli go wszystkich potrzebnych w tym fachu umiejętności. To dobiegło jednak już końca i podczas skromnej ceremonii Ezio Auditore został wreszcie oficjalnie przyjęty w szeregi bractwa.
Szukając odpowiedzi na pytania o naturę tajemniczego Jabłka, bohater udał się po radę do Leonarda da Vinci. Ku swojemu zdziwieniu usłyszał, że obiekt ten wykonano z metalu, który nie ma prawa istnieć. Ezio przez przypadek aktywował artefakt, który przez chwilę wyświetlał dziwne holograficzne obrazy. Machiavelli uznał, że tak cenny przedmiot musi być odpowiednio chroniony i najlepszym do tego miejscem będzie Rocca di Ravaldino, czyli zamek, gdzie rządziła sojuszniczka asasynów Caterina Sforza. Na miejscu okazało się jednak, że twierdza została opanowana przez wojska braci Orsi – Checca oraz Ludovica. Porwali oni dzieci księżnej i użyli wywołanego tym zamieszania, by ukraść Jabłko. Tę niegodziwość szybko jednak przypłacili życiem. Ezio uratował dzieci, zabił kidnaperów i odzyskał Jabłko. Niestety podczas walki z Checkiem został poważnie ranny i nim stracił przytomność, zobaczył, jak mnich pozbawiony jednego palca zabiera artefakt.
Pod czułą opieką Sforzy Ezio szybko odzyskał siły i mógł wyruszyć na poszukiwania odzianego w czerń zakonnika, którym okazał się być Girolamo Savonarola. Wykorzystał on moc artefaktu do uzyskania kontroli nad populacją Florencji i wmówił ludziom, że książki oraz renesansowa sztuka są źródłem zepsucia niszczącego Włochy i jedynym sposobem na uratowanie kraju jest spalenie ich wszystkich na stosie. Asasyn nie mógł pozwolić, by jego rodzime miasto spotkał taki los, więc rozpoczął eliminowanie wszystkich czołowych podwładnych mnicha, a jego towarzysze wykorzystali spowodowany tym chaos do wzniecenia zamieszek. Wściekłość tłumu szybko skierowała się przeciwko samemu Savonaroli. Ten próbował jeszcze uspokoić sytuację, korzystając z mocy Jabłka, ale Ezio wybił mu je z ręki celnie rzuconym nożem. Jeden ze strażników chciał co prawda uciec z cennym artefaktem, ale ostrze w plecach skutecznie go zatrzymało. W międzyczasie pozbawiony tajemnej mocy zakonnik został skazany na śmierć na stosie. Ezio postanowił jednak, że nikt nie zasługuje, by umierać w takich męczarniach i zakończył jego życie, nim dosięgły go płomienie.
